On distingue trois grandes formes de gastro entérites: virales, bactériennes et parasitaires.
Gastro-intérite virale: il s'agit de la forme la plus fréquente, surtout en hiver, et elle est très contagieuse. Elle se transmet par contact entre deux personnes ou avec une surface souillée comme une poignée de porte. Les principaux virus incriminés dans cette forme de gastro entérite sont un rotavirus, un norovirus ou un adénovirus.
Gastro-entérite bactérienne: elle est communément appelée la "turista", c'est-à-dire la diarrhée du touriste, car la contamination se fait par l'ingestion d'aliments ou d'eaux infectées dans les pays dont l'hygiène n'est pas optimale. Parmi les principales bactéries en cause nous pouvons citer Escherichia coli, Salmonella enterica ou Shigella dysenteriae. La gastro-entérite d'origine bactérienne toucherait plus de la moitié des touristes qui séjournent au moins trois semaines dans un pays "à risque".
Gastro-entérite parasitaire: comme son nom l'indique, cette forme de gastro-entérite est provoquée par un parasite, c'est-à-dire un micro-organisme qui se retrouve dans le système digestif. Les principaux parasites en cause dans le cas de la gastro sont les amibes et le giardia. La contamination se fait par ingestion d'eau ou d'aliments souillés, comme pour la forme bactérienne, et touche donc aussi en priorité les touristes dans certains pays à l'hygiène limitée.