La carence en vitamine B12 peut survenir dans plusieurs situations :
Insuffisance d’apport en vitamine B12 : Elle concerne principalement les personnes végétaliennes, véganes voire flexitariennes qui ne se supplémentent pas. Les personnes en situations précaires ou les personnes âgées peuvent également être concernées.
Mauvaise absorption de la vitamine B12 : Cette situation est fréquente chez les personnes âgées, chez les personnes souffrantes de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), ou les personnes sous traitements médicamenteux (comme la metformine ou des inhibiteurs de la pompe à protons (IPP)). Une absorption réduite peut être liée à un manque d’acidité gastrique, nécessaire à la synthèse du facteur intrinsèque (FI). Comme vu précédemment, c'est seulement quand la vitamine B12 se lie au FI qu'elle est absorbée correctement. On parle alors d'anémie pernicieuse ou maladie de Biermer.
Défaut de stockage de la vitamine B12 : Étant principalement stockée dans le foie, un stockage insuffisant peut toucher les personnes souffrant de troubles ou de faiblesses hépatiques. Ce problème est également plus fréquent chez les personnes âgées.
Hérédité génétique : L'hypothèse qu'une carence en vitamine B12 chez la mère pendant la grossesse puisse entraîner des altérations épigénétiques chez les enfants, affectant négativement l'absorption gastro-intestinale de la vitamine B12 est possible. La science étudie encore cette dernière cause. Les femmes enceintes suivant un régime végétalien doivent particulièrement surveiller leur taux de vitamine B12, de même que les mères végétaliennes qui allaitent, afin de prévenir une carence chez l’enfant.