Qu'est ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal, souvent appelé le "deuxième cerveau", intrigue de plus en plus la communauté scientifique et le grand public. C'est un organe à part entière. Composé de milliards de micro-organismes, il joue un rôle essentiel dans le bon fonctionnement de notre organisme. Sa composition, sa localisation et ses fonctions sont complexes, et son importance pour notre santé est indéniable. Un microbiote équilibré est un allié incontournable, tandis qu’un déséquilibre peut causer divers troubles. Mais qu’est-ce que le microbiote intestinal exactement ? Pourquoi est-il si essentiel ? Découvrons ensemble ce qui se cache dans nos intestins.

Par La rédaction Aroma-Zone
Mis à jour le 28/01/2025 Temps de lecture : +4 min.

Quelle est la composition du microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal est un écosystème extrêmement diversifié. Il regroupe plusieurs catégories de micro-organismes :

  • Bactéries : Ce sont les principaux composants du microbiote. Plus de 1000 espèces ont été recensées, appartenant principalement aux groupes des Firmicutes et des Bacteroidetes.

  • Virus : Notamment des bactériophages, des virus qui infectent les bactéries.

  • Champignons : Comme certaines levures du genre Candida, en très faible quantité chez l'individu sain.

  • Protozoaires : Des organismes unicellulaires, également présents en faibles quantités.

  • Archées : Des micro-organismes qui aident à digérer certaines molécules complexes.

Ces micro-organismes cohabitent dans un équilibre délicat. Ce sont les bactéries qui représentent la majorité de cette population et qui jouent les rôles les plus importants dans les processus physiologiques de l’intestin.

Quelle est la localisation du microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal se trouve principalement dans tout le tube digestif et tapisse la muqueuse intestinale. Sa répartition varie selon les segments. Dans l’intestin grêle, la concentration en micro-organismes est relativement faible en raison de l’acidité et de la présence d’acides biliaires qui inhibent la prolifération bactérienne. Les mouvements rapides du péristaltisme favorisent également une moindre colonisation microbienne. Cependant, au fur et à mesure que les aliments progressent vers le côlon, la densité des bactéries augmente de façon exponentielle.

Le côlon est l’endroit où la majorité des bactéries réside. Cet environnement est plus stable et moins acide que l’intestin grêle, ce qui permet une prolifération importante. Les fibres alimentaires non digérées atteignent cette section, fournissant une source de nourriture essentielle pour ces micro-organismes. Plus de 1000 espèces bactériennes y cohabitent, jouant un rôle crucial dans la digestion et la production de métabolites bénéfiques.

En plus de sa localisation dans les intestins, le microbiote intestinal communique avec d'autres microbiotes du corps (peau, bouche, etc.), formant ainsi un réseau de micro-organismes interdépendants qui influence notre santé globale.

Comment se forme le microbiote intestinal ?

La flore intestinale commence à se former dès la naissance, influencé par plusieurs facteurs. Le mode d'accouchement joue un rôle important : les bébés nés par voie naturelle acquièrent des bactéries via le canal vaginal, tandis que les bébés issus des naissances par césarienne ont un microbiote différent, souvent moins diversifié. Au cours des premières années de vie, le patrimoine génétique, ainsi que l’environnement et l’alimentation, façonnent la composition du microbiote. Avec la diversification alimentaire, de nouvelles bactéries colonisent la paroi intestinale, augmentant la diversité microbienne. Ce microbiote évolue tout au long de l'enfance, influencé par l’exposition aux infections, aux traitements médicaux, et aux habitudes alimentaires. Il atteint sa stabilité à l'âge adulte, bien que des variations puissent survenir selon les choix de vie et l’environnement. Cette évolution du microbiote est essentielle pour le développement d’un système immunitaire robuste et une digestion optimale.

A quoi sert le microbiote intestinal ? Quel est son rôle ?

Le microbiote intestinal est un acteur clé dans le fonctionnement global de l'organisme, exerçant plusieurs fonctions vitales qui influencent de nombreux aspects de notre santé. Tout d'abord, il joue un rôle crucial dans la digestion, notamment par la décomposition des fibres alimentaires indigestibles. Les bactéries du microbiote transforment ces fibres en acides gras à chaîne courte, qui servent de source d'énergie pour les cellules de la paroi intestinale.

En outre, le microbiote est impliqué dans la synthèse de vitamines essentielles. Il produit par exemple la vitamine K et certaines vitamines du groupe B, qui sont indispensables à de nombreuses fonctions biologiques, y compris la coagulation du sang et le métabolisme énergétique.

Le microbiote intestinal renforce également le système immunitaire. Il interagit constamment avec ce dernier, aidant à identifier et répondre efficacement aux agents pathogènes, tout en prévenant les réactions immunitaires excessives qui pourraient être nuisibles.

Il offre aussi une protection contre les pathogènes en occupant l'espace et en produisant des substances antimicrobiennes, ce qui empêche la colonisation par des micro-organismes nocifs. De plus, le microbiote joue un rôle dans la modulation de l'inflammation, contribuant à maintenir un équilibre entre les réponses inflammatoires et anti-inflammatoires, ce qui est essentiel pour prévenir le développement de maladies inflammatoires.

Enfin, le microbiote intestinal est intégré dans l'axe intestin-cerveau, qui implique une communication bidirectionnelle entre l'intestin et le cerveau. Un déséquilibre dans le microbiote peut influencer l'humeur et les fonctions cognitives, soulignant ainsi son rôle dans la santé mentale ainsi que physique.

Quels sont les bienfaits d'un microbiote équilibré pour l'organisme ?

Favorise la digestion

Un microbiote intestinal équilibré est essentiel au bon fonctionnement de l’organisme. Il contribue à la digestion efficace des fibres et d’autres nutriments difficiles à décomposer, produisant des acides gras bénéfiques pour les cellules intestinales. Le microbiote favorise également la synthèse de vitamines essentielles, telles que les vitamines K et B12, importantes pour la coagulation sanguine et le métabolisme énergétique.



Renforce la barrière intestinale

En plus de ses fonctions digestives, un microbiote sain renforce la barrière intestinale, empêchant les agents pathogènes d’entrer dans la circulation sanguine. Il joue un rôle central dans la modulation du système immunitaire, aidant à prévenir les inflammations chroniques et à limiter les réactions allergiques et les intolérances alimentaires.

Enfin, un microbiote équilibré réduit les risques de maladies métaboliques telles que le diabète et l’obésité, en améliorant la sensibilité à l’insuline et en régulant le stockage des graisses.

Quels sont les symptômes d'un mauvais microbiote ?

Lorsque l’équilibre du microbiote est perturbé, on parle de dysbiose. Ce déséquilibre peut provoquer divers symptômes, notamment :

  • Troubles digestifs : ballonnements, diarrhées, constipations, gaz excessifs, signe d'une perturbation dans la fermentation des fibres et la digestion des nutriments.

  • Fatigue chronique : résultant d'une mauvaise absorption des nutriments et d'un déséquilibre énergétique.

  • Sensibilité accrue aux infections : les défenses immunitaires affaiblies rendent le corps plus vulnérable aux infections récurrentes, telles que les infections urinaires ou respiratoires.

  • Problèmes cutanés : l'acné, l'eczéma et d'autres irritations cutanées peuvent être déclenchés par une mauvaise santé intestinale, souvent liée à des inflammations.

  • Irritabilité, anxiété et dépression : des troubles de l'humeur peuvent apparaître, car l'intestin influence directement le cerveau via l'axe intestin-cerveau.

  • Prise ou perte de poids incontrôlée : un déséquilibre du microbiote peut perturber le métabolisme et la gestion des graisses.

  • Difficultés de concentration et problèmes de mémoire : les perturbations du microbiote peuvent affecter la cognition et la clarté mentale.

Comment rééquilibrer son microbiote intestinal ?

Pour rééquilibrer son microbiote intestinal, il est indispensable d’adopter des habitudes favorisant la diversité et la santé des micro-organismes intestinaux. Voici plusieurs stratégies efficaces :

  1. Manger des aliments riches en fibres : Les fibres alimentaires, en particulier les prébiotiques, sont indispensables à la croissance des bonnes bactéries. On les trouve dans les fruits, légumes, légumineuses, et céréales complètes. Ces fibres servent de "nourriture" pour les micro-organismes bénéfiques, favorisant ainsi un microbiote équilibré.

  2. Consommer des aliments fermentés : Le yaourt, le kéfir, la choucroute, le miso et le kombucha sont riches en probiotiques naturels. Ces micro-organismes vivants aident à réintroduire des bonnes bactéries dans l'intestin.

  3. Limiter les aliments ultra-transformés : Les aliments riches en sucres raffinés, graisses saturées et additifs alimentaires, trop sucrés et ou trop salés,  perturbent l’équilibre du microbiote en favorisant la prolifération des bactéries nocives.

  4. Prendre des probiotiques : En cas de dysbiose avérée, des compléments alimentaires à base de souches spécifiques de probiotiques, comme Lactobacillus et Bifidobacterium, peuvent aider à restaurer la diversité bactérienne et améliorer la santé intestinale.

Adopter ces habitudes au quotidien permet de restaurer et de maintenir un microbiote équilibré, indispensable à la santé digestive et générale.

Les compléments alimentaires à base de probiotiques peuvent-ils aider à améliorer la flore intestinale ?

Les compléments probiotiques peuvent jouer un rôle non négligeable dans le rétablissement d'un microbiote perturbé. Ils apportent des souches de bactéries bénéfiques, telles que les Lactobacillus et Bifidobacterium, qui aident à restaurer l'équilibre microbien. Ces souches ont démontré leur efficacité dans la réduction des symptômes de certains troubles digestifs, comme la diarrhée liée à la prise d’antibiotiques ou le syndrome de l’intestin irritable. Cependant, il est recommandé de choisir des probiotiques adaptés à ses besoins spécifiques et de les prendre après avoir demandé conseil à un professionnel de santé.

Microbiote, les précautions à prendre

Même si le microbiote est nécessaire à une bonne santé, il est essentiel de suivre certaines précautions :

  • Ne pas consommer de probiotiques en excès ou sans avis médical.

  • Éviter de recourir à des laxatifs ou à des nettoyants intestinaux qui pourraient perturber l’équilibre microbien.

  • En cas de pathologies chroniques, consulter un professionnel avant d'adopter des compléments probiotiques.

  • Suivre les doses recommandées par les experts en fonction des souches et des indications médicales.

Conseil de l'expert

Avoir une alimentation variée riche en fibres est la première action à mettre en place pour équilibrer son microbiote et éviter le développement de certaines pathologies. Des modifications dans l'hygiène de vie peuvent aussi aider : gestion du stress et exercice physique. Enfin, la prise de probiotique vient en complément.

En savoir plus

Définitions : quelle est la différence entre prébiotiques, probiotiques et postbiotiques ?

Les prébiotiques sont des fibres alimentaires non digestibles qui servent de nourriture aux bonnes bactéries du microbiote. On les retrouve dans les fruits, les légumes et les céréales complètes.

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont consommés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé en rééquilibrant la flore intestinale.

Les postbiotiques sont des composés bioactifs produits par les probiotiques lorsqu'ils métabolisent les prébiotiques. Ils ont des effets bénéfiques sur l'hôte, notamment anti-inflammatoires et antioxydants.

Antibiotiques et microbiote : que faire pour éviter le déséquilibre ?

Les antibiotiques sont essentiels pour combattre certaines infections, mais ils peuvent également avoir un impact négatif sur le microbiote intestinal, détruisant indistinctement les bactéries bénéfiques et pathogènes. Pour minimiser ce déséquilibre microbien et favoriser la restauration de la flore intestinale, il est conseillé de prendre des mesures préventives et réparatrices. 

L'utilisation de probiotiques pendant et après le traitement antibiotique est une stratégie courante pour aider à reconstituer la flore intestinale. Il est cependant important de le faire sous supervision médicale pour choisir les souches les plus appropriées et déterminer la posologie adéquate. Parallèlement, adopter une alimentation riche en fibres et en aliments fermentés peut également soutenir la santé intestinale durant et après la période de traitement antibiotique, car ces aliments favorisent la croissance de bactéries bénéfiques.

En outre, il est important d'éviter la prise d'antibiotiques sans prescription médicale. L'utilisation judicieuse de ces médicaments est essentielle pour prévenir la résistance aux antibiotiques et protéger la santé globale du microbiote. Lorsque les conditions le permettent, privilégier des traitements naturels ou des méthodes non-invasives peut être une alternative viable pour traiter certains troubles sans compromettre la flore intestinale.

Existe-t-il d'autres types de microbiote dans l'organisme humain ?

L'organisme humain abrite plusieurs types de microbiotes, chacun localisé dans des environnements spécifiques et jouant des rôles particuliers. Outre le microbiote intestinal, les principaux sont :

  • Microbiote cutané : Situé à la surface de la peau, il protège contre les infections en empêchant les bactéries pathogènes de coloniser.

  • Microbiote buccal : Présent dans la bouche, il participe à la digestion et prévient les infections buccales.

  • Microbiote vaginal : Il maintient un pH acide, protégeant ainsi contre les infections vaginales.

  • Microbiote pulmonaire : Découvert récemment, il semble jouer un rôle dans la défense immunitaire des voies respiratoires.

Chaque microbiote contribue à l'équilibre global de la santé en interagissant avec son environnement local et le système immunitaire, formant ainsi un écosystème complexe et interdépendant dans tout le corps humain.

Zoom sur notre rédactrice pharmacienne et docteure en biologie moléculaire, Stéphanie LE GUILLOU

Stéphanie est pharmacienne (depuis 2010) et docteure en biologie moléculaire (depuis 2012). Passionnée de rédaction, elle écrit des contenus médicaux depuis près de 15 ans. Son objectif est de rendre accessible et compréhensible les informations, sans jamais perdre en justesse scientifique.

Bibliographie

1

Institut Pasteur. Microbiote intestinal : un écosystème d'une richesse inouïe. Avril 2024.

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