Microbiome : C’est quoi ?

Le microbiome humain désigne un ensemble d’écosystèmes complexes regroupant des milliards de micro-organismes (bactéries, virus, champignons, levures et archées) présents dans différentes parties du corps. Principalement localisé dans l'intestin (microbiote intestinal), il est aussi présent sur la peau, dans la bouche, les yeux, les poumons, l’appareil génital et d’autres organes. Il joue un rôle essentiel dans de nombreuses fonctions physiologiques : digestion, immunité, équilibre hormonal, etc.

Chaque individu héberge une communauté microbienne qui lui est propre, lui conférant une véritable empreinte biologique unique. D’ailleurs, le corps humain contient plus de cellules bactériennes que de cellules humaines. Ces micro-organismes possèdent aussi un patrimoine génétique bien plus important que celui de notre organisme entier : 600 000 gènes versus 23 000 gènes de notre ADN !

Différence entre microbiome et microbiote

Les deux termes sont souvent confondus. Pour l’éviter, le Microbiome Support, un projet financé par l’UE visant à coordonner la recherche et les initiatives liées au microbiome dans différents secteurs (santé, alimentation, agriculture, environnement) les a clairement définis. La trentaine d’experts réunie a considéré le microbiote comme l’ensemble des microorganismes situés dans un environnement spécifique (microbiote intestinal, buccal, vaginal, etc.), tandis que le microbiome correspond à l’ensemble des gènes des microorganismes d’un microbiote particulier. Il est qualifié de « théâtre d’activité ».

Microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est le plus important et le plus diversifié des différents microbiotes de notre corps. Composé de 100 mille milliards de micro-organismes, il génère une implication majeure dans des processus physiologiques essentiels :

• la digestion des fibres alimentaires

• la production de métabolites

• la fonction d’effet barrière vis-à-vis des microorganismes indésirables et pathogènes

• d’autres rôles liés aux interactions fonctionnelles entre les microorganismes et son hôte

Son rôle comme acteur du système immunitaire a été découvert ensuite (stimulation des défenses naturelles, limitation de la prolifération des agents pathogènes). De même, son action modulatrice de l’inflammation a été mise en évidence.

Aujourd’hui, les scientifiques considèrent le microbiote intestinal comme un organe à part entière dont ils n’ont pas fini de découvrir les secrets.

Nos microbiotes vivent en symbiose avec notre organisme, c'est-à-dire qu’ils sont en association bénéfique. Les microbiotes jouent tous un rôle important dans le maintien de la santé, notamment par leur effet barrière vis-à-vis des germes pathogènes.

Au XXᵉ siècle, le développement de la microbiologie a permis d’explorer l’importance du microbiote intestinal dans notre santé globale. Les études ont mis en évidence son influence et son rôle essentiel dans :

• la digestion

• l’absorption des nutriments

• la régulation du système immunitaire

• la production de vitamines

• le métabolisme

• la santé mentale via son interaction avec le système nerveux central.

Plus récemment, les technologies de séquençage et de la métagénomique ont permis une analyse du microbiome plus fine. Elles ont mis en évidence, d’une part, son immense diversité, d’autre part, ses implications potentielles dans les maladies chroniques et les réponses thérapeutiques.

Plusieurs facteurs peuvent perturber l’équilibre de notre microbiote intestinal, engendrant une « dysbiose ».  Il est important de les connaître pour mieux prévenir les risques de déséquilibre.

L'Alimentation

La dysbiose est favorisée par plusieurs facteurs alimentaires : 

• une consommation élevée de sucres raffinés

• des repas trop riches en graisses saturées

• un régime pauvre en fibres alimentaires

L'hygiène de vie

Le mode de vie délétère peut impacter négativement l’équilibre de notre microbiote intestinal :

• le stress chronique

• un sommeil insuffisant

• un manque d’activité physique

La prise de médicaments

La prise de médicaments, et de traitements antibiotiques, en particulier peut altérer l’équilibre microbien de l’intestin, en éliminant de manière indistincte les germes bénéfiques et indésirables.

À plus long terme, les anti-inflammatoires non-stéroïdiens ou les inhibiteurs de la pompe à protons peuvent aussi perturber la composition du microbiote intestinal.

Différents symptômes peuvent évoquer un déséquilibre du microbiote intestinal. Les premiers à apparaître sont les troubles digestifs, leur intensité et leur fréquence étant révélatrices de l’importance du problème. D’autres symptômes peuvent se manifester et dans le temps : baisse des défenses immunitaires, fatigue chronique, prise de poids, etc.

Ballonnements, flatulences, douleurs abdominales : Un déséquilibre de la composition du microbiote intestinal peut entraîner des fermentations importantes dans le tube digestif, conduisant à un excès de gaz. Il en résulte alors des sensations de ballonnements et de distension abdominale très inconfortables, s’accompagnant de flatulences. La présence de bactéries indésirables en excès, ou l’insuffisance de bonnes bactéries au niveau intestinal peuvent engendrer des douleurs abdominales fréquentes, pouvant s'accompagner de crampes abdominales.

Perturbations du transit : diarrhée ou constipation : Lorsque l’équilibre des populations microbiennes est perturbé, la prolifération de bactéries nuisibles peut entraîner des diarrhées. Une insuffisance de bonnes bactéries (probiotiques) peut aussi favoriser les problèmes de constipation.

Fatigue : Des études suggèrent que le microbiote intestinal influence la qualité du sommeil via la production de métabolites neuroactifs et immunomodulateurs (acides gras à chaîne courte, acides biliaires secondaires, neurotransmetteurs). Certains de ces composés favorisent l’éveil (sérotonine, dopamine, cortisol), tandis que d’autres sont impliqués dans le sommeil (GABA, mélatonine). De plus, nos bactéries intestinales jouent aussi un rôle dans l’absorption des nutriments. Un déséquilibre de la composition du microbiote peut donc perturber cette fonction, et réduire la biodisponibilité des vitamines et minéraux essentiels. D’autre part, la dysbiose augmente l’inflammation, ce qui peut également favoriser une fatigue généralisée.

Troubles de l’humeur et du sommeil : Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la régulation du stress et de l’anxiété via l’axe intestin-cerveau. Un déséquilibre du microbiote (dysbiose) peut perturber cette communication bidirectionnelle entre les deux organes, favorisant une augmentation du stress, du niveau d’anxiété et d’autres troubles émotionnels.

Problèmes cutanés : Des études récentes ont montré que l'homéostasie du microbiote intestinal peut influencer la santé de la peau, prouvant ainsi l'existence d'un axe intestin-peau. Ce dernier étant un réseau complexe qui relie le tube digestif au système immunitaire et cutané.

Affaiblissement de l’immunité : Notre microbiote contribue à réguler notre système immunitaire. Un déséquilibre de sa composition entrave notre capacité à nous défendre contre les infections urinaires, les rhumes, par exemple.

Augmentation du poids inexpliquée : Les probiotiques influencent la sécrétion des hormones qui régulent l’appétit. Certains impactent l’expression de gènes liés au métabolisme lipidique et peuvent réduire l’accumulation de graisse corporelle. Cela explique qu’une dysbiose puisse entraîner une prise de poids, même sans changement de son régime alimentaire.

Manger des fruits et légumes

Une alimentation riche en fibres (fruits et légumes, céréales, légumineuses), pauvre en sucres simples, en graisses saturées et en aliments transformés contribue à un microbiote équilibré et diversifié. 

Le régime alimentaire peut façonner le microbiote intestinal et donc impacter la santé globale. Une alimentation riche en végétaux peut impacter la diversité du microbiote intestinal. La fréquence de consommation de légumes, la diversité des plantes consommées et l'âge de l'hôte jouent un rôle.

Augmenter son apport en prébiotiques

Les prébiotiques sont des fibres alimentaires non digestibles qui servent de nourriture aux bonnes bactéries du microbiote intestinal. En favorisant leur multiplication et leur activité, ils contribuent à équilibrer et à diversifier la flore intestinale.

Les prébiotiques peuvent être consommés via des aliments riches en prébiotiques :

• Légumes : ail, oignon, poireau, asperge, artichaut, topinambour

• Fruits : banane, pomme, baies Céréales complètes : avoine, blé complet, orge

• Légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots

• Graines et plantes : graines de chia, graines de lin, chicorée

Pour un effet optimal, il est aussi possible de se supplémenter en prébiotiques, avec les conseils d’un professionnel de santé :

• Inuline

• fructo-oligosaccharides (FOS)

• galacto-oligosaccharides (GOS)

Prendre des probiotiques

Les probiotiques influencent positivement la composition du microbiote intestinal. Ils augmentent la diversité microbienne, tout en soutenant la croissance des espèces bénéfiques et peuvent aider à restaurer un microbiote intestinal perturbé et soutenir un microbiote sous stress.

Avoir une activité physique suffisante

La composition du microbiote intestinal est associée au niveau d'activité physique. Les athlètes par exemple, ont une diversité microbienne intestinale plus élevée, et une présence d’espèces microbiennes bénéfiques supérieure, par rapport aux personnes sédentaires.

En cas de suspicion ou de dysbiose avérée, il est nécessaire de consulter un professionnel de la santé (votre médecin généraliste ou un gastroentérologue), afin de bénéficier de recommandations médicales adéquates.

Les compléments alimentaires probiotiques sont déconseillés chez les personnes immunodéprimées ou souffrant de pathologies intestinales graves. 

Associer des prébiotiques et des probiotiques permet d'apporter directement des bactéries bénéfiques, tout en favorisant leur croissance grâce à un apport nutritif adapté.

Ingénieure Agronome spécialisée en Nutrition et Docteure en Sciences alimentaires, Lila est journaliste et rédactrice scientifique. Elle collabore avec des magazines professionnels B2B, et des entreprises innovantes en santé et bien-être. Passionnée par la transmission du savoir, elle s’attache à rendre les informations scientifiques complexes accessibles à tous. Convaincue du rôle essentiel des micronutriments, des plantes et du microbiote, elle explore les liens entre science et nature pour mieux comprendre les bases de notre équilibre.