Les causes d'une gastro-entérite sont multiples et peuvent être classées en catégories selon leurs origines.
Les infections virales
C'est la majorité des cas, surtout pendant la période hivernale. On retrouve des virus très contagieux, qui résistent longtemps dans l’environnement et provoquent des vagues d'épidémies dans les collectivités (écoles, crèches, bureaux...). Chez les adultes, le norovirus est le principal responsable, tandis que chez les enfants de moins de 5 ans, c'est le rotavirus qui est le plus fréquent.
Ces virus se transmettent facilement par simple contact direct, par les surfaces contaminées ou même par de fines gouttelettes lors de vomissements par exemple.
Les infections bactériennes
Ces gastro-entérites sont le plus souvent liées à des intoxications alimentaires. On retrouve principalement le campylobacter, souvent présent dans les viandes de porc ou de volaille insuffisamment cuites. Il y a aussi le fameux E.coli dans les viandes hachées mal cuites ou les légumes contaminés, et la salmonellose, une pathologie transmise par une bactérie qui se développe dans les œufs, les volailles mal cuites ou les produits laitiers non pasteurisés.
Les infections par parasites
Dans de rares cas, une gastro-entérite peut être causée par une infection due à des parasites. La plus connue est la giardiase, une parasitose digestive due à un micro-organisme appelé Giardia. Cette infection, le plus souvent répandue chez les enfants, peut se développer sans symptômes ou provoquer des symptômes comme des diarrhées et des vomissements. Le diagnostic s'effectue via un examen parasitologique des selles.
Des facteurs externes
D'autres facteurs externes peuvent favoriser l'apparition de symptômes de gastro-entérite, seuls ou en association avec des bactéries et virus.
Le stress : Selon son intensité, il peut provoquer des maux de ventre et des symptômes comme des diarrhées.
L'alimentation : Un changement d'alimentation peut perturber notre système digestif et être également responsable de diarrhées. C'est le cas, par exemple, lors de la transition vers une alimentation plus estivale.
Les voyages : Certaines personnes ont du mal à s'habituer à la nourriture locale lors de leurs voyages, ce qui peut favoriser le développement de gastro, avec ou sans vomissements (on parle alors de la tourista).
D'autres éléments sont également à prendre en compte, comme le terrain individuel de chaque personne. On parle par exemple de sensibilités digestives, de l'âge et de l'état de santé général. La cause principale de la transmission est souvent une mauvaise hygiène des mains, car le contact direct est le mode de propagation majoritaire.